Tutto rimase pressoché immutato fino agli inizi dell‘800 quando il complesso della Carità fu destinato ad ospitare le Gallerie dell’Accademia. Fu Napoleone a decidere di trasferirvi le collezioni dell’Accademia di Venezia che, operante dal 1755 sotto la direzione di Giambattista Tiepolo, si trovava al fondaco della Farina, presso i giardinetti dell’ex Palazzo Reale.
Gian Antonio Selva, nel 1811, progettò la nuova facciata e revisionò la struttura interna dell'edificio e della chiesa al fine di accogliere le opere che presentano una panoramica completa della pittura veneziana dal medioevo al Settecento. Vi sono inoltre conservati dipinti di famosi artisti - provenienti da collezioni private -, nonché preziosi disegni e incisioni raccolti nel Gabinetto dei disegni e delle stampe.

Jacopo Tintoretto, Miracolo di san Marco

Jacopo Tintoretto, Trafugamento del corpo di san Marco

Jacopo Tintoretto, La creazione degli animali